在BALDR FORCE的世界设定里，各种科学技术已经高度发达：生化科技方面，人类已经将自制的芯片植入脑中来协助思维并提高运算能力。同时在网络技术方面，NET空间已经是现实世界不可缺少的另一个世界层面的存在了，人类可以利用神经接入法将头脑中的芯片与网络硬件相连，将整个灵魂没入NET空间中，作为电子体在NET空间中自由行动；而凭借着网络技术，人类已经在NET空间中重现了现实世界的环境及物理法则，甚至可以精确模拟出人的五感；也正因为在NET空间中活动的是人的灵魂，也就是大脑的活动，所以NET空间内外的肉体和灵魂会受到同步的影响，比如灵魂做剧烈运动肉体依然会觉得疲劳，灵魂受到攻击同样会在肉体上产生疼痛的感觉，极端一点，灵魂被杀死的话现实世界中就会表现为“脑死”，反之亦然。
在NET空间中，一切都是程式与数据的的投影。不仅所有建筑，环境都只是一句句程序语言编成的，灵魂本身作为电子体的存在也不过是0、1的组合，因而，带有附加功能的子程序也就应运而生了。シュミクラム，一种人型工具，也就是一种依附于灵魂的电子武装，一方面可以和灵魂结合来强化脆弱的灵魂本身，另一方面也能加载各种武装程序。在NET空间中的体现就是人可以搭载シュミクラム程序而变成类似与机器人的形态，而且能够利用其加载的武装程序变换出各种各样的武器工具。其他的比如类似于墙壁的防火墙，类似于无人驾驶机体的各种软件等等，所有网络世界里的东西就这样被实体化的表现了出来。HACKER，俗称黑客，他们窃取各种数据的行为在这样的NET空间中也就变成了操纵シュミクラム对抗各种类似侦察机的杀毒软件及同样操纵シュミクラム的网络守备人员的战斗。
故事的主角相马透，所属网络自由HACK组织「草原之狼」，在一次国连军的数据库HACK活动中，因为自己的错误导致自己的好友，也是队长的野野村优哉死亡。无法原谅自己的透，放弃了自己的自由，加入了国连军的对骇客部队，国连军治安维持局情报管理系第一小队。在日常的小队战斗过程中有关恐怖组织和大企业和军队的战斗等等事件，逐渐揭示出一个被隐藏在这个世界背后的真实……